Andreas Küppers studeerde piano en historische toetsinstrumenten bij Wiebke Weidanz aan de Hochschule für Musik und Darstellende Kunst in Frankfurt, bij Jörg-Andreas Bötticher in Basel en bij Michael Behringer in Freiburg. Hij trad op met de Akademie für Alte Musik Berlin, het Freiburger Barockorchester, de Staatskapelle Berlin, het Chamber Orchestra of Europe, de Deutsche Kammerphilharmonie Bremen en het Frankfurter Museumsorchester. Ook werkt hij regelmatig als muzikale assistent van René Jacobs voor internationale barokoperaproducties.
Sinds 2013 dirigeert hij vocale en instrumentale ensembles op het Vielklang-Festival in Tübingen en coacht hij onder meer het Hochschulchor en Kammerchor van Frankfurt. Als dirigent van zijn Teatro del Mondo ensemble verscheen Küppers op het Rheingau Musikfestival, het Mecklenburg-Vorpommern Musikfestival, het Festival Rhein-Vokal, het Beethovenfest Bonn en het Young Euro Classic Festival Berlijn. Sinds 2014 is hij artistiek directeur van de Kirchenkonzerte Karben.